Phần lớn lãnh thổ Kauthara thuộc về chúa Nguyễn từ năm 1653. Chúa Nguyễn đưa di dân từ Quảng Nam, Thuận Hóa đến Khánh Hoà, và di dân Việt sống xen kẽ với người Chăm từng cụm. Xung đột Việt Chăm thường xảy ra ở vùng đất này, phần đông do tranh chấp ruộng đất, phần thua thiệt thường thuộc về người Chăm. Năm 1712, chúa Nguyễn Phúc Chu phải thoả thuận 5 điều khoản để bảo vệ quyền lợi và đối xử công bằng với người Chăm. Vào thế kỷ 18, nhiều nhà truyền giáo Âu Châu tường trình còn thấy nhiều làng người Chăm ở gần Nha Trang. Tuy nhiên ngày nay không còn thấy làng người Chăm nào nữa.[1] Dù người Chăm hầu như không còn sinh sống trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa nữa, nhưng tỉnh này vẫn còn xót lại nhiều dấu tích quan trọng của tiểu quốc Kauthara như Tháp Po Nagar, Thành Hời, miếu Ông Thạc, Am Chúa, Bia Võ Cạnh ...

Hiện nay, trong Vịnh Vân Phong, có một đảo nhỏ tên Hòn Điệp (hay Hòn Bịp), cách bờ trên 10 km, trên đó có một sắc dân sống cô lập trong vài chục căn nhà, không giao tiếp với thế giới bên ngoài, người Việt ở Vạn Ninh gọi họ là "Dân Đàng Hạ" hay "Người Hạ". Dân đảo có nước da ngâm đen, tai tái, có đôi mắt trắng xác, ít nói; không khiêng gánh như người Việt mà đội trên đầu. Vào đầu thập niên 30, quan huyện Vạn Ninh gọi tất cả dân đảo này vào ghi danh lập sổ Bộ Đinh, nhưng khi hỏi tên họ, thì chỉ có tên mà không có họ. Cuối cùng, quan huyện bảo: "Thôi thì đàn ông lấy họ Đinh, còn đàn bà lấy họ Trần vậy". Xét qua phong tục, tập quán và hình dáng con người, có lẽ đây là những người Chăm cuối cùng còn tồn tại ở Khánh Hoà cho tới ngày nay.[1]